Saat diangkat menjadi sultan Ternate yang ke-25, usia Sultan Baabullah saat itu sudah terhitung matang, yakni sekitar 42 tahun. Karenanya, segenap penghuni kerajaan sudah tak ragu lagi sebab ia telah terlatih di berbagai medan pertempuran pada masa pergolakan pemerintahan Ayahandanya Khairun Janil dalam melawan Portugis.
Sultan Baabullah merupakan generasi ke-5, putra dari Sultan Khairun Janil, dengan silsilah sebagai berikut; Berawal dari Sultan Zainal Abidin yang memerintah dari tahun 1485-1500 Masehi.
Sultan Bayanullah memerintah dari tahun 1500-1522 Masehi, Sultan Maharani Noekila yang memerintah dari tahun 1522-1532 Masehi, Sultan Tabarija 1532-1536 Masehi, dan Sultan Khairun Janil 1536-1570.
Kematangannya dalam hal berperang telah didapatkan Sultan Baabullah sejak masa muda. Ia telah digembleng kemiliteran oleh Salahaka Ambon dan Salahaka Sula.
Keduanya adalah panglima dari Kerajaan Ternate. Berkat bimbingan dari kedua tokoh inilah, kabarnya dalam usia relatif muda Sultan Baabulla telah diangkat menjadi Kaicil Paparangan alias panglima tertinggi angkatan perang.
Perlawanan menentang Portugis semakin meluas di masa pemerintahan Sultan Baabullah. Di dalam benaknya selalu teringat saat-saat membopong jenazah Sultan Chairun yang hancur. Ayahnya dibunuh ketika diajak berunding oleh Belanda di benteng Sao Paulo, pada tahun 1570.
Strategi perang Sultan Baabullah dalam melawan Portugis diatur berdasarkan pada pembagian tugas teritori kesultanan. Seperti Tomagola yang bertanggungjawab atas kawasan Ambon dan Seram. Toraitu bertanggungjawab atas kepulauan Baca, Banggai, Buton, Luwuk, dan Sula. Jougugu Dorure dan Sultan Jailolo merupakan koordinator penghancuran di Sulawesi dan Halmahera.
Sultan Baabullah Datu Syah yang memerintah 1570-1583 Masehi, dengan kepemimpinannya telah berhasil mengusir penjajah portugis (1575) dengan armada-armada Ternate yang terkenal tangguh. Ditambah kapal-kapal dari Buton, Jawa (Jepara), Makasar, Melayu membuat armada Portugis yang pada waktu itu memiliki persenjataan yang lengkap seakan tak berarti apa-apa. Benteng Fort Tolocce yang dibangun tahun 1572, Santo Lucia Fortress yang berdiri dari tahun 1518, dan Santo Pedro (1522), akhirnya dapat direbut laskar kora-kora Ternate.
Kekuatan armada perang Kesultanan Ternate begitu menakutkan bagi kerajaan-kerajaan di sekitarnya dan juga pada saat itulah kesultanan Ternate berhasil memperluas wilayah kekuasaannya. Kesuksesan Sultan Baabullah ini, menjadikan dirinya sebagai sultan yang berjulukan penguasa 72 pulau/negeri.
Pada masa kejayaan Sultan Baabulah Datu Syah, kesultanan Ternate berambisi memperluas wilayah kekuasaannya dengan dalil penyebaran agama Islam. Sebagai pemimpin 72 negeri, Sultan Baabullah menempatkan enam sangaji di Nusa Tenggara, yaitu; sangaji Solor, Sangaji Lawayong Nusa Tenggara Timur, Sangaji Lamaharra, Sangaji Kore di Nusa Tenggara Barat dan Bali, Sangaji Mena, dan Sangaji Dili di wilayah Timtim.
Di wilayah Jawa ada empat Sangaji: Sangaji Kidul, Sangaji Kulon, Sangaji Lor, dan Sangaji Wetan. Di Sumatra ada Sangaji Palembang. Sementara di Papua ada lima Sangaji, yaitu: Sangaji Raja Ampat di Kolano Fat, Sangaji Papua Gamsio wilayah Sorong, Sangaji Mafor di Biak, Sangaji Soaraha di Jayapura, dan Sangaji Mariekku/Merauke.
Di Sulawesi ditempatkan di kerajaan Goa Makasar, kerajaan Banggai, Kerajaan Bone, Buton Raha, Gorontalo, Luwu, Minahasa, Kerajaan Sangir, dan Selayar. Kalimantan ada kerajaan Brunai, Kutai, Sabah, dan Searawak. Sedangkan di Filipina, terdapat di kerajaan Mangindano, di Zulu-Zamboango.
Sementara di Maluku sendiri ada Sangaji Seram, Ambon, Gebe, Maba, Pattani,Sula, dll. Bahkan sampai di Mikronesia dekat pulau Marshal kepulauan Mariana, ada Sangaji Gamrangi di Polinesia dan Malanesia. Begitu luas wilayah kekuasaa dan pengaruhnya, sehingga banyak yang menyebut bahwa kerajaan Ternate pada masa pemerintahan Sultan Baabullah adalah model negara Islam pertama di Nusantara.
Selama pemerintahannya, Sultan Baabullah telah banyak memberikan keharuman bagi Ternate dan Islam. Selain itu ia pun dikenal sebagai sultan yang bijak, pengampun terhadap musuh perang yang telah menyerah. Serta banyak memberi inspirasi dan semangat dalam melawan kolonialisme eropa.
Ia adalah tonggak awal perlawanan Nusantara terhadap kolonialisme barat. Sehingga ketika Sultan Baabullah wafat pada tanggal 18 Ramadhan 991 Hijriah atau 25 Mei 1583 Masehi di usianya yang ke-53 tahun, duka dodora melanda bumi ternate. Meski penyebab dan tempat kematiannya masih diperdebatkan, kematian Sultan Baabullah sebagai putera kebangga Maluku telah meninggalkan duka mendalam bagi rakyatnya.